| Primera etapa | 30.06.2016 | FC Midtjylland | - | FK Sūduva | 1:0 | ||||
| Primera etapa | 07.07.2016 | FK Sūduva | - | FC Midtjylland | 0:1 | ||||
| Segunda etapa | 14.07.2016 | FC Midtjylland | - | FC Vaduz | 3:0 | ||||
| Segunda etapa | 21.07.2016 | FC Vaduz | - | FC Midtjylland | 2:2 | ||||
| Tercera ronda | 28.07.2016 | Videoton FC | - | FC Midtjylland | 0:1 |  |
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| Tercera ronda | 04.08.2016 | FC Midtjylland | - | Videoton FC | 1:1 pró. | ||||
| Playoffs | 18.08.2016 | FC Midtjylland | - | Osmanlıspor FK | 0:1 | ||||
| Playoffs | 25.08.2016 | Osmanlıspor FK | - | FC Midtjylland | 2:0 |
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