| 1. Jornada | 05.03.2016 | FC Levadia | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 2. Jornada | 08.03.2016 | FC Flora | - | Rakvere JK Tarvas | 6:0 | ||||
| 3. Jornada | 12.03.2016 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 3:0 | ||||
| 4. Jornada | 19.03.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 01.04.2016 | FC Infonet | - | FC Flora | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 04.04.2016 | FC Flora | - | JK Tammeka | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 08.04.2016 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 0:0 | ||||
| 8. Jornada | 16.04.2016 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 22.04.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 10. Jornada | 29.04.2016 | FC Flora | - | Pärnu Linnameeskond | 6:0 | ||||
| 11. Jornada | 06.05.2016 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 10.05.2016 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 0:0 | ||||
| 12. Jornada | 13.05.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 2:4 | ||||
| 18. Jornada | 10.07.2016 | FC Infonet | - | FC Flora | 4:3 | ||||
| 24. Jornada | 16.08.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Flora | 1:4 |  |
|||
| 33. Jornada | 15.10.2016 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:2 |
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