| 11. Jornada | 31.10.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 26.11.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 02.12.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 11.12.2016 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 0:2 |  |
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| 17. Jornada | 17.12.2016 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 29.01.2017 | FC St. Pauli | - | Stuttgart | 0:1 | |
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| 19. Jornada | 05.02.2017 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 34. Jornada | 21.05.2017 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 | |
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