| 1. Jornada | 05.08.2018 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 2. Jornada | 10.08.2018 | FC St. Pauli | - | Darmstadt | 2:0 |  |
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| 3. Jornada | 26.08.2018 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 4. Jornada | 02.09.2018 | FC St. Pauli | - | Colonia | 3:5 | ||||
| 5. Jornada | 16.09.2018 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 7. Jornada | 26.09.2018 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | |
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| 8. Jornada | 30.09.2018 | Hamburgo | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 07.10.2018 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 3:1 | ||||
| 10. Jornada | 22.10.2018 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 11. Jornada | 28.10.2018 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 0:1 | ||||
| 12. Jornada | 04.11.2018 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 10.11.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 25.11.2018 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 16.02.2019 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:2 | ||||
| 25. Jornada | 10.03.2019 | FC St. Pauli | - | Hamburgo | 0:4 | ||||
| 30. Jornada | 21.04.2019 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 3:0 |
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