| 10. Jornada | 01.10.2016 | Hamburgo II | - | FC St. Pauli II | 2:2 |  |
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| 11. Jornada | 08.10.2016 | FC St. Pauli II | - | SV Eichede | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 14.10.2016 | Hannover II | - | FC St. Pauli II | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 23.10.2016 | FC St. Pauli II | - | U.S.I. Lupo-Martini | 0:0 | |
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| 16. Jornada | 12.11.2016 | Schwarz-Weiß Rehden | - | FC St. Pauli II | 1:3 |  |
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| 17. Jornada | 01.03.2017 | FC St. Pauli II | - | VfV Hildesheim | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 05.03.2017 | Lüneburger SK Hansa | - | FC St. Pauli II | 1:1 | |
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| 25. Jornada | 11.03.2017 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Norderstedt | 1:3 | ||||
| 23. Jornada | 15.03.2017 | FC St. Pauli II | - | SV Meppen | 4:0 | ||||
| 27. Jornada | 04.04.2017 | FC St. Pauli II | - | Hamburgo II | 1:3 | |
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| 29. Jornada | 07.04.2017 | FC St. Pauli II | - | Hannover II | 0:0 | ||||
| 30. Jornada | 22.04.2017 | U.S.I. Lupo-Martini | - | FC St. Pauli II | 1:2 | ||||
| 31. Jornada | 30.04.2017 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Braunschweig II | 1:2 | ||||
| 32. Jornada | 05.05.2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 33. Jornada | 13.05.2017 | FC St. Pauli II | - | Schwarz-Weiß Rehden | 2:2 | |
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| 34. Jornada | 20.05.2017 | VfV Hildesheim | - | FC St. Pauli II | 1:1 | |
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