| 18. Jornada | 24.01.1999 | 1. FC Magdeburg | - | SD Croatia Berlin | 4:2 | ||||
| 20. Jornada | 05.02.1999 | 1. FC Magdeburg | - | VfB Leipzig | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 13.02.1999 | VFC Plauen | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 23.02.1999 | 1. FC Magdeburg | - | Dresdner SC | 4:0 |  |
|||
| 23. Jornada | 28.02.1999 | Lok Altmark Stendal | - | 1. FC Magdeburg | 0:1 | |
|||
| 25. Jornada | 20.03.1999 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 28.03.1999 | 1. FC Magdeburg | - | Spandauer SV | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 31.03.1999 | Stahl Eisenhüttenstadt | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 28. Jornada | 03.04.1999 | 1. FC Magdeburg | - | Sachsen Leipzig | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 09.04.1999 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 30. Jornada | 18.04.1999 | 1. FC Magdeburg | - | Chemnitzer FC | 0:1 | |
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| 31. Jornada | 24.04.1999 | FC Berlin | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | |
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| 24. Jornada | 28.04.1999 | 1. FC Magdeburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | |
|||
| 32. Jornada | 05.05.1999 | 1. FC Magdeburg | - | 1. FC Union Berlin | 3:2 |
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