| 4. Jornada | 20.09.2008 | Sevilla Atlético | - | Rayo | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 12.10.2008 | Rayo | - | CD Castellón | 4:2 | ||||
| 8. Jornada | 19.10.2008 | Gimnàstic de Tarragona | - | Rayo | 3:1 | ||||
| 9. Jornada | 25.10.2008 | Rayo | - | Eibar | 4:1 |  |
|||
| 10. Jornada | 02.11.2008 | Tenerife | - | Rayo | 2:0 | |
|||
| 15. Jornada | 06.12.2008 | Rayo | - | UD Salamanca | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 04.01.2009 | Rayo | - | Levante | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 22.03.2009 | Rayo | - | Gimnàstic de Tarragona | 3:2 | ||||
| 31. Jornada | 04.04.2009 | Rayo | - | Tenerife | 0:0 | ||||
| 32. Jornada | 12.04.2009 | Huesca | - | Rayo | 0:1 | ||||
| 35. Jornada | 02.05.2009 | Rayo | - | Albacete | 0:3 | |
|||
| 36. Jornada | 09.05.2009 | UD Salamanca | - | Rayo | 0:1 | ||||
| 37. Jornada | 16.05.2009 | Rayo | - | Córdoba | 5:0 | ||||
| 39. Jornada | 30.05.2009 | Levante | - | Rayo | 1:0 | ||||
| 40. Jornada | 06.06.2009 | Rayo | - | Real Sociedad | 4:1 | ||||
| 41. Jornada | 13.06.2009 | Las Palmas | - | Rayo | 0:0 | ||||
| 42. Jornada | 20.06.2009 | Rayo | - | Zaragoza | 2:2 | |
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