| 1. Jornada | 01.08.2003 | Borussia Dortmund II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 |  |
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| 3. Jornada | 16.08.2003 | Preußen Münster | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | |
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| 4. Jornada | 23.08.2003 | Borussia Dortmund II | - | Sachsen Leipzig | 4:4 | ||||
| 6. Jornada | 07.09.2003 | Borussia Dortmund II | - | Werder Bremen II | 2:1 |  |
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| 11. Jornada | 10.10.2003 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 21.10.2003 | Borussia Dortmund II | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 15.11.2003 | Borussia Dortmund II | - | Rot-Weiss Essen | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 07.03.2004 | Sachsen Leipzig | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 14.03.2004 | Borussia Dortmund II | - | Colonia | 0:4 | ||||
| 23. Jornada | 21.03.2004 | Werder Bremen II | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | |
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| 29. Jornada | 02.05.2004 | Dynamo Dresden | - | Borussia Dortmund II | 3:1 | |
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| 34. Jornada | 05.06.2004 | Borussia Dortmund II | - | Chemnitzer FC | 0:2 |
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