| 10. Jornada | 26.10.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Gossau | 5:0 | ||||
| 11. Jornada | 02.11.2008 | FC Lugano | - | FC Schaffhausen | 4:0 | ||||
| 12. Jornada | 09.11.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Winterthur | 3:0 | ||||
| 14. Jornada | 29.11.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Schaffhausen | 3:1 | ||||
| 15. Jornada | 08.12.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Concordia Basel | 2:4 | ||||
| 17. Jornada | 01.03.2009 | FC Schaffhausen | - | Servette FC | 0:0 | ||||
| 18. Jornada | 07.03.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC Schaffhausen | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 02.05.2009 | FC Winterthur | - | FC Schaffhausen | 1:3 | ||||
| 29. Jornada | 24.05.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 |
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