| 22. Jornada | 24.01.2016 | Hallescher FC | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 |  |
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| 23. Jornada | 30.01.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 05.02.2016 | Chemnitzer FC | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 |  |
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| 25. Jornada | 13.02.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Fortuna Köln | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 20.02.2016 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | ||||
| 27. Jornada | 28.02.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Stuttgarter Kickers | 2:1 | |
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| 28. Jornada | 02.03.2016 | VfR Aalen | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 05.03.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Hansa Rostock | 4:1 | ||||
| 30. Jornada | 12.03.2016 | Energie Cottbus | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 20.03.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Holstein Kiel | 0:1 | ||||
| 32. Jornada | 01.04.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Erzgebirge Aue | 0:3 | ||||
| 34. Jornada | 16.04.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 35. Jornada | 22.04.2016 | Preußen Münster | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | ||||
| 36. Jornada | 30.04.2016 | 1. FC Magdeburg | - | SG Sonnenhof Großaspach | 4:0 | ||||
| 38. Jornada | 14.05.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Würzburger Kickers | 0:1 | |
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