| Primera etapa | 10.08.2016 | Deportivo Lara | - | Atlético Junior | 1:3 | ||||
| Primera etapa | 17.08.2016 | Atlético Junior | - | Deportivo Lara | 2:1 |  |
|||
| Segunda etapa | 24.08.2016 | Blooming | - | Atlético Junior | 0:2 | ||||
| Segunda etapa | 15.09.2016 | Atlético Junior | - | Blooming | 1:1 | ||||
| Octavos de final | 22.09.2016 | Montevideo Wanderers | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| Octavos de final | 29.09.2016 | Atlético Junior | - | Montevideo Wanderers | 4:3 pn. | ||||
| Cuartos de final | 20.10.2016 | Atlético Junior | - | Chapecoense | 1:0 | ||||
| Cuartos de final | 27.10.2016 | Chapecoense | - | Atlético Junior | 3:0 |
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