| 1. Jornada | 15.03.2009 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:1 | ||||
| 5. Jornada | 18.04.2009 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Nalchik | 1:0 |  |
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| 6. Jornada | 26.04.2009 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | |
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| 7. Jornada | 02.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:1 | |
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| 8. Jornada | 11.05.2009 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | |
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| 9. Jornada | 17.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 1:1 | ||||
| 10. Jornada | 23.05.2009 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 30.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Dinamo Moskva | 2:3 | |
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| 12. Jornada | 14.06.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 1:2 | |
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| 13. Jornada | 12.07.2009 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | |
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