| 1. Jornada | 22.07.2012 | Zenit | - | FK Amkar Perm | 2:0 | ||||
| 2. Jornada | 28.07.2012 | Zenit | - | Dinamo Moskva | 2:0 | ||||
| 3. Jornada | 04.08.2012 | CSKA Moscú | - | Zenit | 1:3 |  |
|||
| 4. Jornada | 11.08.2012 | Zenit | - | Spartak Moskva | 5:0 | ||||
| 8. Jornada | 14.09.2012 | Zenit | - | Terek Grozny | 0:2 | ||||
| 11. Jornada | 07.10.2012 | FK Krasnodar | - | Zenit | 0:2 | ||||
| 12. Jornada | 20.10.2012 | Zenit | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 27.10.2012 | Spartak Vladikavkaz | - | Zenit | 2:3 | ||||
| 15. Jornada | 11.11.2012 | Volga Nizhniy Novgorod | - | Zenit | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 17.11.2012 | Dinamo Moskva | - | Zenit | 3:0 | ||||
| 17. Jornada | 26.11.2012 | Zenit | - | CSKA Moscú | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 10.12.2012 | Zenit | - | Anzhi Makhachkala | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 10.03.2013 | Rubin Kazan | - | Zenit | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 17.03.2013 | Zenit | - | Mordovia Saransk | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 13.04.2013 | Lokomotiv Moskva | - | Zenit | 0:1 | ||||
| 26. Jornada | 28.04.2013 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | Zenit | 2:2 |
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