| 1. Jornada | 29.01.2012 | Atlético Junior | - | Deportes Quindío | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 12.02.2012 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:1 |  |
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| 4. Jornada | 18.02.2012 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 03.03.2012 | Atlético Junior | - | Itagüi Ditaires | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 11.03.2012 | Patriotas FC | - | Atlético Junior | 2:1 | |
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| 8. Jornada | 17.03.2012 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 3:1 | ||||
| 9. Jornada | 25.03.2012 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 3:1 | ||||
| 10. Jornada | 01.04.2012 | Santa Fe | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 15.04.2012 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 1:3 | ||||
| 13. Jornada | 22.04.2012 | Atlético Junior | - | Deportes Tolima | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 14.05.2012 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 3:1 | ||||
| 18. Jornada | 27.05.2012 | Once Caldas | - | Atlético Junior | 2:2 |
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