| 1. Jornada | 30.07.2012 | Deportes Quindío | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 2. Jornada | 05.08.2012 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 1:0 | ||||
| 3. Jornada | 12.08.2012 | Atlético Junior | - | Deportivo Pasto | 2:0 | ||||
| 7. Jornada | 02.09.2012 | Atlético Junior | - | Patriotas FC | 4:3 | ||||
| 8. Jornada | 17.09.2012 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 24.09.2012 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 1:3 | ||||
| 10. Jornada | 27.09.2012 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 30.09.2012 | Millonarios | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| 12. Jornada | 04.10.2012 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 4:0 | ||||
| 14. Jornada | 18.10.2012 | Atlético Junior | - | La Equidad | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 22.10.2012 | Cúcuta Deportivo | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 28.10.2012 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 10.11.2012 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 2:0 |  |
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