| 1. Jornada | 28.08.2005 | Panathinaikos | - | Olympiacos | 0:2 | ||||
| 9. Jornada | 06.11.2005 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 11. Jornada | 26.11.2005 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:1 |  |
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| 12. Jornada | 03.12.2005 | Atromitos | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 29.01.2006 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 04.02.2006 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 26.02.2006 | Akratitos Liosion | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 22. Jornada | 05.03.2006 | Panathinaikos | - | AEK Athen | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 11.03.2006 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 24. Jornada | 19.03.2006 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 25. Jornada | 26.03.2006 | Apollon Kalamarias | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 09.04.2006 | Panathinaikos | - | Atromitos | 4:3 | ||||
| 29. Jornada | 30.04.2006 | Panathinaikos | - | AO Egaleo | 4:0 | ||||
| 30. Jornada | 14.05.2006 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 0:3 | |
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Croacia