| 2. Jornada | 05.08.2000 | SV Wehen-Taunusstein | - | Wacker Burghausen | 2:1 |  |
|||
| 3. Jornada | 12.08.2000 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 26.08.2000 | Wacker Burghausen | - | TSV 1860 München II | 4:2 | ||||
| 8. Jornada | 19.09.2000 | Darmstadt | - | Wacker Burghausen | 5:1 | ||||
| 17. Jornada | 18.11.2000 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 18. Jornada | 25.11.2000 | VfR Aalen | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 02.12.2000 | Wacker Burghausen | - | SV Wehen-Taunusstein | 1:2 | ||||
| 20. Jornada | 09.12.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 1:2 | |
|||
| 21. Jornada | 24.02.2001 | Wacker Burghausen | - | Sportfreunde Siegen | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 03.03.2001 | TSV 1860 München II | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 10.03.2001 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 17.03.2001 | SV 07 Elversberg | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 26. Jornada | 07.04.2001 | Wacker Burghausen | - | SC Pfullendorf | 1:2 | ||||
| 27. Jornada | 12.04.2001 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 21.04.2001 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Trier | 0:1 |
Alemania