| 20. Jornada | 02.02.2013 | Colonia | - | Erzgebirge Aue | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 09.02.2013 | Energie Cottbus | - | Colonia | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 18.02.2013 | FC St. Pauli | - | Colonia | 0:1 | ||||
| 23. Jornada | 23.02.2013 | Colonia | - | 1. FC Union Berlin | 2:0 |  |
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| 24. Jornada | 03.03.2013 | FSV Frankfurt | - | Colonia | 1:1 |  |
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| 25. Jornada | 09.03.2013 | Colonia | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 26. Jornada | 18.03.2013 | Dynamo Dresden | - | Colonia | 0:2 | ||||
| 27. Jornada | 31.03.2013 | Colonia | - | Jahn Regensburg | 2:1 | |
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| 28. Jornada | 05.04.2013 | 1. FC Kaiserslautern | - | Colonia | 3:0 | ||||
| 29. Jornada | 14.04.2013 | Colonia | - | VfR Aalen | 1:0 | |
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| 30. Jornada | 22.04.2013 | MSV Duisburg | - | Colonia | 1:1 | ||||
| 31. Jornada | 28.04.2013 | Colonia | - | TSV 1860 München | 1:1 | ||||
| 32. Jornada | 04.05.2013 | VfL Bochum | - | Colonia | 2:1 | ||||
| 34. Jornada | 19.05.2013 | Ingolstadt | - | Colonia | 0:3 |
Austria