| 17. Jornada | 22.01.2017 | AO Kerkyra | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 29.01.2017 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 04.02.2017 | PAS Giannina | - | Panathinaikos | 1:1 |  |
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| 23. Jornada | 04.03.2017 | Panathinaikos | - | Veria FC | 5:0 | ||||
| 29. Jornada | 23.04.2017 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 30.04.2017 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 2:0 |
Grecia