| 7. Jornada | 27.09.2002 | Waldhof Mannheim | - | FC St. Pauli | 2:5 | ||||
| 8. Jornada | 04.10.2002 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 20.10.2002 | SSV Reutlingen | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 27.10.2002 | FC St. Pauli | - | Eintracht Trier | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 01.11.2002 | FC St. Pauli | - | SC Freiburg | 0:1 | ||||
| 12. Jornada | 10.11.2002 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 13. Jornada | 18.11.2002 | FC St. Pauli | - | Colonia | 2:3 |  |
|||
| 14. Jornada | 24.11.2002 | Wacker Burghausen | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 02.12.2002 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 06.12.2002 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 13.12.2002 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 1:4 | ||||
| 19. Jornada | 02.02.2003 | LR Ahlen | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 30. Jornada | 28.04.2003 | Colonia | - | FC St. Pauli | 2:1 |
Croacia