| 17. Jornada | 01.03.2009 | FC Wohlen | - | FC Wil 1900 | 0:1 | ||||
| 20. Jornada | 22.03.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Schaffhausen | 2:1 | ||||
| 16. Jornada | 28.03.2009 | FC Gossau | - | FC Wil 1900 | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 02.04.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wil 1900 | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 18.04.2009 | FC Wil 1900 | - | FC La Chaux-de-Fonds | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 22.04.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Winterthur | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 26.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Wil 1900 | 3:4 |  |
|||
| 26. Jornada | 03.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC St. Gallen | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 09.05.2009 | Yverdon Sport FC | - | FC Wil 1900 | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 16.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Thun | 2:0 | ||||
| 29. Jornada | 23.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Biel/Bienne | 3:0 |
Alemania