| 1. Jornada | 25.07.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:1 | ||||
| 2. Jornada | 29.07.2009 | SV Sandhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 3. Jornada | 09.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern Múnich II | 6:0 | ||||
| 4. Jornada | 15.08.2009 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 5. Jornada | 23.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:3 | ||||
| 7. Jornada | 02.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 8. Jornada | 05.09.2009 | Holstein Kiel | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 17. Jornada | 21.11.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 29. Jornada | 20.03.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Eintracht Braunschweig | 2:1 | ||||
| 34. Jornada | 13.04.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Jahn Regensburg | 3:1 | ||||
| 35. Jornada | 17.04.2010 | Dynamo Dresden | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 | ||||
| 22. Jornada | 20.04.2010 | Bayern Múnich II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 37. Jornada | 30.04.2010 | Wuppertaler SV | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 38. Jornada | 08.05.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Stuttgart II | 1:2 |
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