| 4. Jornada | 18.08.2008 | FC Schaffhausen | - | FC La Chaux-de-Fonds | 1:1 | ||||
| 7. Jornada | 13.09.2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC Schaffhausen | 3:3 | ||||
| 8. Jornada | 29.09.2008 | FC Schaffhausen | - | FC St. Gallen | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 04.10.2008 | Yverdon Sport FC | - | FC Schaffhausen | 3:0 | ||||
| 10. Jornada | 26.10.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Gossau | 5:0 | ||||
| 13. Jornada | 16.11.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Wohlen | 2:2 | ||||
| 15. Jornada | 08.12.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Concordia Basel | 2:4 | ||||
| 20. Jornada | 22.03.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Schaffhausen | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 27.04.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Lugano | 2:2 | ||||
| 28. Jornada | 17.05.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Biel/Bienne | 0:1 |
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