| 18. Jornada | 22.01.2006 | Kickers Offenbach | - | Hansa Rostock | 1:3 |  |
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| 19. Jornada | 29.01.2006 | Hansa Rostock | - | TSV 1860 München | 3:1 | ||||
| 21. Jornada | 13.02.2006 | Hansa Rostock | - | VfL Bochum | 0:2 | ||||
| 22. Jornada | 19.02.2006 | SC Paderborn 07 | - | Hansa Rostock | 3:0 | ||||
| 17. Jornada | 22.02.2006 | Dynamo Dresden | - | Hansa Rostock | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 26.02.2006 | Hansa Rostock | - | Sportfreunde Siegen | 2:0 | ||||
| 24. Jornada | 06.03.2006 | Alemannia Aachen | - | Hansa Rostock | 3:2 |  |
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| 20. Jornada | 29.03.2006 | Eintracht Braunschweig | - | Hansa Rostock | 4:1 | ||||
| 28. Jornada | 02.04.2006 | SpVgg Unterhaching | - | Hansa Rostock | 0:1 | |
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| 29. Jornada | 09.04.2006 | Hansa Rostock | - | 1. FC Saarbrücken | 3:0 | ||||
| 30. Jornada | 13.04.2006 | Energie Cottbus | - | Hansa Rostock | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 23.04.2006 | Hansa Rostock | - | LR Ahlen | 1:2 | ||||
| 32. Jornada | 03.05.2006 | Hansa Rostock | - | SC Freiburg | 1:2 | ||||
| 33. Jornada | 07.05.2006 | SpVgg Greuther Fürth | - | Hansa Rostock | 2:0 |
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