| Primera etapa | 16.09.1999 | Vojvodina | - | Slavia Praga | 0:0 | ||||
| Primera etapa | 30.09.1999 | Slavia Praga | - | Vojvodina | 3:2 | ||||
| Segunda etapa | 21.10.1999 | Slavia Praga | - | Grasshopper Club Zürich | 3:1 |  |
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| Segunda etapa | 04.11.1999 | Grasshopper Club Zürich | - | Slavia Praga | 1:0 | ||||
| Tercera ronda | 25.11.1999 | Slavia Praga | - | AFC Steaua București | 4:1 | ||||
| Octavos de final | 29.02.2000 | Slavia Praga | - | Udinese | 1:0 | ||||
| Octavos de final | 07.03.2000 | Udinese | - | Slavia Praga | 2:1 | ||||
| Cuartos de final | 16.03.2000 | Leeds United | - | Slavia Praga | 3:0 | ||||
| Cuartos de final | 23.03.2000 | Slavia Praga | - | Leeds United | 2:1 |
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