| 3. Jornada | 16.08.2008 | Baník Ostrava | - | 1. FC Brno | 0:0 | ||||
| 4. Jornada | 25.08.2008 | 1. FC Brno | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 8. Jornada | 28.09.2008 | 1. FC Brno | - | SK Kladno | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 05.10.2008 | FK Baumit Jablonec | - | 1. FC Brno | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 19.10.2008 | Viktoria Žižkov | - | 1. FC Brno | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 26.10.2008 | 1. FC Brno | - | Dynamo České Budějovice | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 02.11.2008 | Slavia Praga | - | 1. FC Brno | 2:1 | ||||
| 13. Jornada | 09.11.2008 | 1. FC Brno | - | Viktoria Plzeň | 1:2 | ||||
| 22. Jornada | 05.04.2009 | SK Kladno | - | 1. FC Brno | 1:0 | ||||
| 28. Jornada | 17.05.2009 | 1. FC Brno | - | FK Teplice | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 23.05.2009 | Tescoma Zlín | - | 1. FC Brno | 2:1 |
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