| 8. Jornada | 28.09.2008 | Slavia Praga | - | Sigma Olomouc | 3:0 | ||||
| 9. Jornada | 05.10.2008 | Sigma Olomouc | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 11. Jornada | 24.10.2008 | Sigma Olomouc | - | Slovan Liberec | 2:1 |  |
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| 12. Jornada | 02.11.2008 | FK Teplice | - | Sigma Olomouc | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 15.11.2008 | Tescoma Zlín | - | Sigma Olomouc | 1:1 | |
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| 15. Jornada | 23.11.2008 | Sigma Olomouc | - | Baník Ostrava | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 23.05.2009 | Baník Ostrava | - | Sigma Olomouc | 1:1 |
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