| 20. Jornada | 28.02.1999 | SpVgg Unterhaching | - | FC Gütersloh | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 07.03.1999 | FC Gütersloh | - | KFC Uerdingen 05 | 2:0 | ||||
| 22. Jornada | 14.03.1999 | Hannover | - | FC Gütersloh | 4:1 |  |
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| 23. Jornada | 21.03.1999 | FC Gütersloh | - | Stuttgarter Kickers | 1:0 |  |
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| 24. Jornada | 04.04.1999 | SSV Ulm 1846 | - | FC Gütersloh | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 11.04.1999 | FC Gütersloh | - | TeBe Berlin | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 18.04.1999 | Mainz | - | FC Gütersloh | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 26.04.1999 | FC Gütersloh | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:0 | |
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| 28. Jornada | 30.04.1999 | FC St. Pauli | - | FC Gütersloh | 1:0 | ||||
| 29. Jornada | 09.05.1999 | FC Gütersloh | - | SG Wattenscheid 09 | 2:1 | |
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| 30. Jornada | 16.05.1999 | Energie Cottbus | - | FC Gütersloh | 5:1 | ||||
| 31. Jornada | 21.05.1999 | FC Gütersloh | - | Karlsruher SC | 2:0 | |
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| 32. Jornada | 30.05.1999 | FC Gütersloh | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:3 | |
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| 34. Jornada | 17.06.1999 | FC Gütersloh | - | Fortuna Köln | 2:1 | |
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