| 1. Jornada | 25.07.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Wuppertaler SV | 2:2 | ||||
| 2. Jornada | 29.07.2009 | Stuttgart II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 08.08.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:2 |  |
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| 5. Jornada | 22.08.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Bayern Múnich II | 4:2 | ||||
| 8. Jornada | 05.09.2009 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 3:2 | |
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| 9. Jornada | 12.09.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 10. Jornada | 19.09.2009 | Holstein Kiel | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 17.10.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Werder Bremen II | 1:2 | ||||
| 14. Jornada | 24.10.2009 | Kickers Offenbach | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 31.10.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Ingolstadt | 0:1 | ||||
| 32. Jornada | 03.04.2010 | Werder Bremen II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 34. Jornada | 14.04.2010 | Ingolstadt | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:3 |
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