| 7. Jornada | 08.09.1999 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern Múnich II | 4:1 | ||||
| 10. Jornada | 27.09.1999 | Bayern Múnich II | - | SV Lohhof | 4:2 | ||||
| 15. Jornada | 31.10.1999 | Bayern Múnich II | - | FSV Frankfurt | 5:2 | ||||
| 18. Jornada | 11.12.1999 | Bayern Múnich II | - | Darmstadt | 1:2 | ||||
| 19. Jornada | 01.03.2000 | Wacker Burghausen | - | Bayern Múnich II | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 05.03.2000 | TSV 1860 München II | - | Bayern Múnich II | 4:3 | ||||
| 22. Jornada | 12.03.2000 | Bayern Múnich II | - | Augsburgo | 3:0 | ||||
| 23. Jornada | 17.03.2000 | Borussia Fulda | - | Bayern Múnich II | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 20.04.2000 | VfR Aalen | - | Bayern Múnich II | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 23.04.2000 | Bayern Múnich II | - | TSF Ditzingen | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 28.04.2000 | VfR Mannheim | - | Bayern Múnich II | 3:3 | ||||
| 30. Jornada | 06.05.2000 | SSV Reutlingen | - | Bayern Múnich II | 3:1 |  |
|||
| 31. Jornada | 14.05.2000 | Bayern Múnich II | - | Stuttgart II | 1:6 | ||||
| 32. Jornada | 17.05.2000 | FSV Frankfurt | - | Bayern Múnich II | 2:3 | ||||
| 33. Jornada | 21.05.2000 | Bayern Múnich II | - | Quelle Fürth | 3:0 | ||||
| 34. Jornada | 27.05.2000 | SC Pfullendorf | - | Bayern Múnich II | 0:1 |
Alemania