| 23. Jornada | 07.02.2009 | AS Nancy Lorraine | - | AJ Auxerre | 0:2 | ||||
| 24. Jornada | 14.02.2009 | AJ Auxerre | - | Lille | 2:0 | ||||
| 25. Jornada | 21.02.2009 | Havre AC | - | AJ Auxerre | 1:2 |  |
|||
| 26. Jornada | 28.02.2009 | AJ Auxerre | - | Toulouse | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 08.03.2009 | Rennes | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 28. Jornada | 15.03.2009 | Lyon | - | AJ Auxerre | 0:2 | ||||
| 29. Jornada | 21.03.2009 | AJ Auxerre | - | Le Mans UC 72 | 2:0 | ||||
| 30. Jornada | 04.04.2009 | Valenciennes FC | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 11.04.2009 | AJ Auxerre | - | Girondins de Burdeos | 0:2 | ||||
| 32. Jornada | 18.04.2009 | FC Sochaux | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 26.04.2009 | AJ Auxerre | - | Caen | 2:1 | ||||
| 34. Jornada | 02.05.2009 | Mónaco | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 35. Jornada | 13.05.2009 | AJ Auxerre | - | Grenoble Foot 38 | 2:0 |  |
|||
| 36. Jornada | 16.05.2009 | París Saint-Germain | - | AJ Auxerre | 1:2 | |
|||
| 37. Jornada | 23.05.2009 | AJ Auxerre | - | Saint-Étienne | 1:0 |
Eslovenia