| 1. Jornada | 26.08.2012 | OFI Heraklion | - | Skoda Xanthi | 0:0 |  |
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| 2. Jornada | 02.09.2012 | Aris Saloniki | - | OFI Heraklion | 0:0 | |
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| 3. Jornada | 17.09.2012 | Panionios GSS | - | OFI Heraklion | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 06.10.2012 | OFI Heraklion | - | PAOK Saloniki | 1:1 |  |
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| 9. Jornada | 03.11.2012 | Olympiacos | - | OFI Heraklion | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 10.11.2012 | OFI Heraklion | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 11. Jornada | 18.11.2012 | OFI Heraklion | - | Levadiakos | 0:2 | ||||
| 12. Jornada | 24.11.2012 | PAS Giannina | - | OFI Heraklion | 1:0 |
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