| 16. Jornada | 23.01.2000 | AO Kavala | - | PAOK Saloniki | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 13.02.2000 | PS Kalamata | - | PAOK Saloniki | 1:1 |  |
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| 20. Jornada | 20.02.2000 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 1:3 | |
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| 22. Jornada | 05.03.2000 | PAOK Saloniki | - | Iraklis Saloniki | 4:0 |  |
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| 23. Jornada | 11.03.2000 | Paniliakos Pyrgos | - | PAOK Saloniki | 0:4 | |
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| 25. Jornada | 27.03.2000 | Ionikos Nikea | - | PAOK Saloniki | 1:0 | |
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| 26. Jornada | 02.04.2000 | PAOK Saloniki | - | Aris Saloniki | 3:2 | ||||
| 27. Jornada | 12.04.2000 | PAOK Saloniki | - | OFI Heraklion | 2:2 | ||||
| 31. Jornada | 08.05.2000 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 32. Jornada | 13.05.2000 | Apollon Smyrnis | - | PAOK Saloniki | 3:4 | |
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| 33. Jornada | 21.05.2000 | PAOK Saloniki | - | AO Kavala | 5:0 | |
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