| 21. Jornada | 27.08.2016 | Vila Nova - GO | - | Náutico - PE | 0:2 | ||||
| 22. Jornada | 31.08.2016 | Náutico - PE | - | Londrina - PR | 0:2 | ||||
| 23. Jornada | 04.09.2016 | Sampaio Corrêa - MA | - | Náutico - PE | 4:3 |  |
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| 24. Jornada | 10.09.2016 | Náutico - PE | - | Bahia - BA | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 17.09.2016 | Náutico - PE | - | Paysandu - PA | 3:1 | |
 |
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| 27. Jornada | 24.09.2016 | Paraná Clube | - | Náutico - PE | 1:2 | ||||
| 28. Jornada | 01.10.2016 | Náutico - PE | - | Vasco da Gama - RJ | 3:1 | ||||
| 29. Jornada | 05.10.2016 | CA Bragantino | - | Náutico - PE | 0:1 | |
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| 30. Jornada | 08.10.2016 | Náutico - PE | - | Brasil de Pelotas - RS | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 15.10.2016 | Náutico - PE | - | Ceará - CE | 1:0 | |
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| 33. Jornada | 29.10.2016 | Náutico - PE | - | Atlético Goianiense | 2:1 | |
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| 34. Jornada | 05.11.2016 | CR Brasil - AL | - | Náutico - PE | 1:0 | ||||
| 35. Jornada | 09.11.2016 | Náutico - PE | - | Goiás - GO | 1:0 | ||||
| 36. Jornada | 12.11.2016 | Avaí - SC | - | Náutico - PE | 3:0 | ||||
| 37. Jornada | 19.11.2016 | Tupi - MG | - | Náutico - PE | 1:4 | |
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| 38. Jornada | 26.11.2016 | Náutico - PE | - | Oeste - SP | 0:2 |
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