| 6. Jornada | 07.09.2009 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli II | 4:0 | ||||
| 7. Jornada | 13.09.2009 | FC St. Pauli II | - | Wolfsburgo II | 1:0 | ||||
| 1. Jornada | 16.09.2009 | Hannover II | - | FC St. Pauli II | 0:0 |  |
|||
| 11. Jornada | 16.10.2009 | FC St. Pauli II | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | ||||
| 13. Jornada | 31.10.2009 | FC St. Pauli II | - | Türkiyemspor Berlin | 2:2 | ||||
| 15. Jornada | 22.11.2009 | FC St. Pauli II | - | VFC Plauen | 3:2 | ||||
| 16. Jornada | 27.11.2009 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 05.12.2009 | FC St. Pauli II | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 20.03.2010 | FC St. Pauli II | - | FC Oberneuland | 4:4 | ||||
| 26. Jornada | 27.03.2010 | TeBe Berlin | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 27. Jornada | 02.04.2010 | FC St. Pauli II | - | ZFC Meuselwitz | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 11.04.2010 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 14.04.2010 | FC St. Pauli II | - | Chemnitzer FC | 3:1 | ||||
| 29. Jornada | 17.04.2010 | FC St. Pauli II | - | Hamburgo II | 0:3 |
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