| 2. Jornada | 02.08.2008 | FC Wil 1900 | - | FC Gossau | 2:1 | ||||
| 4. Jornada | 16.08.2008 | FC Lugano | - | FC Gossau | 4:0 |  |
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| 5. Jornada | 22.08.2008 | FC Gossau | - | FC Winterthur | 0:1 | ||||
| 6. Jornada | 30.08.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Gossau | 1:3 | ||||
| 7. Jornada | 12.09.2008 | FC Gossau | - | FC Concordia Basel | 0:1 | |
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| 11. Jornada | 02.11.2008 | FC Gossau | - | FC St. Gallen | 1:3 | |
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| 12. Jornada | 09.11.2008 | Yverdon Sport FC | - | FC Gossau | 1:1 | |
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| 15. Jornada | 07.12.2008 | FC Gossau | - | Servette FC | 0:3 | |
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| 20. Jornada | 20.03.2009 | FC Gossau | - | FC Stade Nyonnais | 2:3 | ||||
| 25. Jornada | 25.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Gossau | 4:1 | ||||
| 28. Jornada | 16.05.2009 | FC Wohlen | - | FC Gossau | 2:0 |
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