| Primera etapa | 30.06.2016 | FK Trakai | - | JK Nõmme Kalju | 2:1 | ||||
| Primera etapa | 07.07.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FK Trakai | 4:1 | ||||
| Segunda etapa | 14.07.2016 | Maccabi Haifa | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 |  |
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| Segunda etapa | 21.07.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Maccabi Haifa | 5:3 pn. | ||||
| Tercera ronda | 28.07.2016 | Osmanlıspor FK | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 | ||||
| Tercera ronda | 04.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Osmanlıspor FK | 0:2 |
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