| Primera etapa | 30.06.2016 | Široki Brijeg | - | Birkirkara FC | 1:1 | ||||
| Primera etapa | 05.07.2016 | Birkirkara FC | - | Široki Brijeg | 2:0 | ||||
| Segunda etapa | 14.07.2016 | Birkirkara FC | - | Heart of Midlothian | 0:0 | ||||
| Segunda etapa | 21.07.2016 | Heart of Midlothian | - | Birkirkara FC | 1:2 | ||||
| Tercera ronda | 28.07.2016 | Birkirkara FC | - | FK Krasnodar | 0:3 | ||||
| Tercera ronda | 04.08.2016 | FK Krasnodar | - | Birkirkara FC | 3:1 |
Eslovenia