| 2. Jornada | 22.07.2016 | HNK Rijeka | - | NK Istra 1961 | 4:1 | ||||
| 15. Jornada | 06.11.2016 | NK Istra 1961 | - | HNK Cibalia | 3:2 | ||||
| 19. Jornada | 10.12.2016 | NK Istra 1961 | - | NK Osijek | 1:3 | ||||
| 22. Jornada | 24.02.2017 | Hajduk Split | - | NK Istra 1961 | 4:0 | ||||
| 23. Jornada | 03.03.2017 | NK Istra 1961 | - | Slaven Belupo | 0:0 | ||||
| 24. Jornada | 12.03.2017 | HNK Cibalia | - | NK Istra 1961 | 0:2 | ||||
| 25. Jornada | 19.03.2017 | NK Istra 1961 | - | Dinamo Zagreb | 0:3 | ||||
| 28. Jornada | 15.04.2017 | NK Osijek | - | NK Istra 1961 | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 30.04.2017 | NK Istra 1961 | - | Hajduk Split | 0:2 | ||||
| 33. Jornada | 12.05.2017 | NK Istra 1961 | - | HNK Cibalia | 1:2 | ||||
| 34. Jornada | 17.05.2017 | Dinamo Zagreb | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 35. Jornada | 22.05.2017 | NK Istra 1961 | - | RNK Split | 1:0 | ||||
| 36. Jornada | 27.05.2017 | NK Inter Zaprešić | - | NK Istra 1961 | 0:3 |  |
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