| 18. Jornada | 05.02.2000 | BFC Dynamo | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 19. Jornada | 12.02.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Dresdner SC | 0:3 | ||||
| 20. Jornada | 18.02.2000 | VfB Leipzig | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 27.02.2000 | 1. FC Magdeburg | - | TeBe Berlin II | 6:1 |  |
|||
| 22. Jornada | 05.03.2000 | 1. FC Magdeburg | - | SV Babelsberg 03 | 1:4 |  |
|||
| 23. Jornada | 11.03.2000 | FSV Zwickau | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | |
|||
| 25. Jornada | 25.03.2000 | Hertha II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 26. Jornada | 02.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Halle 96 | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 11.04.2000 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 18.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:1 | |
|||
| 29. Jornada | 22.04.2000 | VFC Plauen | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | |
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| 30. Jornada | 30.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Lok Altmark Stendal | 8:1 | |
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| 31. Jornada | 06.05.2000 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 32. Jornada | 09.05.2000 | 1. FC Magdeburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 | ||||
| 33. Jornada | 13.05.2000 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Magdeburg | 3:2 | |
|||
| 34. Jornada | 20.05.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Stahl Eisenhüttenstadt | 4:0 | |
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