| Grupo A | 25.08.2016 | Unión Comercio | - | FBC Melgar | 0:0 | ||||
| Grupo A | 11.09.2016 | FBC Melgar | - | Deportivo Municipal | 2:1 | ||||
| Grupo A | 19.09.2016 | Real Garcilaso | - | FBC Melgar | 1:2 | ||||
| Grupo A | 25.09.2016 | FBC Melgar | - | Defensor La Bocana | 1:0 |  |
|||
| Grupo A | 16.10.2016 | FBC Melgar | - | Sporting Cristal | 2:0 | ||||
| Grupo A | 20.10.2016 | César Vallejo | - | FBC Melgar | 2:3 | ||||
| Grupo A | 29.10.2016 | Deportivo Municipal | - | FBC Melgar | 0:0 | ||||
| Grupo A | 18.11.2016 | Defensor La Bocana | - | FBC Melgar | 1:3 | ||||
| Grupo A | 22.11.2016 | FBC Melgar | - | Juan Aurich | 1:2 | ||||
| Grupo A | 27.11.2016 | Sporting Cristal | - | FBC Melgar | 3:2 |
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