| 6. Jornada | 07.09.2003 | Schalke II | - | VfR Neumünster | 1:1 |  |
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| 7. Jornada | 13.09.2003 | KFC Uerdingen 05 | - | Schalke II | 4:1 | ||||
| 9. Jornada | 27.09.2003 | SG Wattenscheid 09 | - | Schalke II | 1:4 | ||||
| 11. Jornada | 12.10.2003 | Dynamo Dresden | - | Schalke II | 2:1 | ||||
| 10. Jornada | 15.10.2003 | Schalke II | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 16.11.2003 | Schalke II | - | Chemnitzer FC | 2:0 | |
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| 17. Jornada | 22.11.2003 | SC Paderborn 07 | - | Schalke II | 3:1 | ||||
| 19. Jornada | 10.12.2003 | Borussia Dortmund II | - | Schalke II | 5:0 | |
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| 18. Jornada | 21.02.2004 | Schalke II | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 25. Jornada | 03.04.2004 | Eintracht Braunschweig | - | Schalke II | 2:2 | ||||
| 26. Jornada | 10.04.2004 | Schalke II | - | SG Wattenscheid 09 | 2:2 | ||||
| 27. Jornada | 16.04.2004 | FC St. Pauli | - | Schalke II | 2:0 | ||||
| 28. Jornada | 23.04.2004 | Schalke II | - | Dynamo Dresden | 2:1 | |
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| 29. Jornada | 01.05.2004 | Wuppertaler SV | - | Schalke II | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 09.05.2004 | Schalke II | - | Hamburgo II | 2:3 | ||||
| 31. Jornada | 15.05.2004 | Holstein Kiel | - | Schalke II | 4:2 | ||||
| 32. Jornada | 22.05.2004 | Schalke II | - | Rot-Weiss Essen | 0:7 | |
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