| 1. Jornada | 17.03.2006 | FK Moskva | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 26.03.2006 | FK Rostov | - | FK Moskva | 4:0 | ||||
| 3. Jornada | 02.04.2006 | FK Moskva | - | Krylia Sovetov | 1:0 | ||||
| 4. Jornada | 08.04.2006 | FK Moskva | - | Luch-Energiya Vladivostok | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 16.04.2006 | FK Moskva | - | Spartak Nalchik | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 23.04.2006 | Spartak Moskva | - | FK Moskva | 3:3 | ||||
| 7. Jornada | 30.04.2006 | FK Moskva | - | Lokomotiv Moskva | 0:1 | ||||
| 8. Jornada | 07.05.2006 | Rubin Kazan | - | FK Moskva | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 14.05.2006 | FK Moskva | - | CSKA Moscú | 0:1 | ||||
| 28. Jornada | 05.07.2006 | FK Moskva | - | Shinnik Yaroslavl | 4:1 | ||||
| 10. Jornada | 12.07.2006 | FK Moskva | - | Zenit | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 19.07.2006 | FK Moskva | - | Torpedo Moskva | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 25.07.2006 | FK Moskva | - | Dinamo Moskva | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 25.10.2006 | CSKA Moscú | - | FK Moskva | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 29.10.2006 | Zenit | - | FK Moskva | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 04.11.2006 | Torpedo Moskva | - | FK Moskva | 0:2 | ||||
| 27. Jornada | 08.11.2006 | Dinamo Moskva | - | FK Moskva | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 18.11.2006 | FK Tom Tomsk | - | FK Moskva | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 26.11.2006 | FK Moskva | - | FK Saturn | 2:1 |
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