| 8. Jornada | 27.09.2008 | FC Wohlen | - | FC Thun | 2:2 | ||||
| 9. Jornada | 06.10.2008 | FC Thun | - | FC Gossau | 4:1 | ||||
| 10. Jornada | 25.10.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Thun | 0:2 | ||||
| 11. Jornada | 03.11.2008 | FC Thun | - | Yverdon Sport FC | 2:4 | ||||
| 12. Jornada | 09.11.2008 | FC Biel/Bienne | - | FC Thun | 3:2 |  |
|||
| 13. Jornada | 15.11.2008 | FC Thun | - | FC Locarno | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 29.11.2008 | Servette FC | - | FC Thun | 4:1 | ||||
| 15. Jornada | 05.12.2008 | FC Thun | - | FC La Chaux-de-Fonds | 0:4 | ||||
| 18. Jornada | 08.03.2009 | FC Thun | - | FC Winterthur | 2:4 | ||||
| 16. Jornada | 29.03.2009 | FC Thun | - | FC Lausanne-Sport | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 04.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Thun | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 09.04.2009 | FC Thun | - | FC Wohlen | 1:2 | |
|||
| 23. Jornada | 17.04.2009 | FC Gossau | - | FC Thun | 4:3 | ||||
| 25. Jornada | 26.04.2009 | Yverdon Sport FC | - | FC Thun | 5:1 | ||||
| 26. Jornada | 04.05.2009 | FC Thun | - | FC Biel/Bienne | 2:2 | ||||
| 27. Jornada | 09.05.2009 | FC Locarno | - | FC Thun | 4:1 | ||||
| 28. Jornada | 16.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Thun | 2:0 | ||||
| 29. Jornada | 24.05.2009 | FC Thun | - | Servette FC | 3:0 | ||||
| 30. Jornada | 30.05.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC Thun | 0:1 |
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