| 1. Jornada | 12.08.2000 | LR Ahlen | - | FC St. Pauli | 3:6 | ||||
| 2. Jornada | 18.08.2000 | FC St. Pauli | - | Waldhof Mannheim | 5:0 | ||||
| 3. Jornada | 05.09.2000 | SSV Reutlingen | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 4. Jornada | 10.09.2000 | FC St. Pauli | - | Stuttgarter Kickers | 4:0 | ||||
| 5. Jornada | 15.09.2000 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 6. Jornada | 23.09.2000 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 20.10.2000 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 22. Jornada | 18.02.2001 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 24.02.2001 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 3:3 | ||||
| 26. Jornada | 18.03.2001 | FC St. Pauli | - | Chemnitzer FC | 3:0 | ||||
| 27. Jornada | 30.03.2001 | 1. FC Saarbrücken | - | FC St. Pauli | 1:0 |  |
|||
| 28. Jornada | 08.04.2001 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:4 | ||||
| 30. Jornada | 21.04.2001 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 4:1 |
Croacia